Nội dung bộ sách viện dẫn nhiều sách cổ Trung Quốc, và sử dụng nhiều chữ Nôm, cũng như các tên riêng, thổ ngữ, tập tục tại các địa phương. Điều này thể hiện tác giả là một nhà Hán học uyên thâm và hiểu rõ vùng đất mà ông sinh sống. Đồng thời việc dịch tập sách này cũng đòi hỏi kỹ năng dịch chữ Hán và chữ Nôm sang chữ quốc ngữ, và phải am hiểu về các tên gọi và phong tục của miền Nam, nhất là tên các địa danh bằng chữ Nôm. Hơn nữa, một số bản chép tay còn sót lại cũng chứa đựng không ít sai sót gây khó khăn cho các dịch giả.

Sau khi thực dân Pháp đặt chân tới Nam Kỳ, Bộ Hàng hải và Thuộc địa Pháp đã yêu cầu Gabriel Aubaret dịch sách này sang tiếng Pháp để họ nắm tình hình thổ địa và nhân dân vùng đất Nam Bộ, phục vụ cho công cuộc chinh phục của họ. Bản dịch này được Imprimerie Impériale ("Nhà in Đế quốc") xuất bản năm 1863 tại Paris với tựa đề Histoire et description de la Basse Cochinchine (chuyển tự từ chữ Hán thành Gia-dinh-Thung-chi). Bản dịch này không theo đúng kết cấu của nguyên tác, mục đích phục vụ cho độc giả người Pháp và thực dân Pháp. Các khu vực hành chính không được dịch vì dịch giả này cho rằng chúng đã lạc hậu, hơn nữa lại quá khó dịch vì lúc bấy giờ thực dân Pháp mới chỉ xâm lược ba tỉnh miền Đông, ông ta chưa có điều kiện thực địa để đối chiếu với tên gọi tại các địa phương bằng chữ Nôm. Thay vào đó, ông thay bằng một bảng phụ lục những khu vực hành chính thời Tự Đức. Đào Duy Anh đánh giá tác giả sách này có phiên âm sai các tên riêng, tuy nhiên không nhiều, và khuyết điểm nghiêm trọng nhất của bản dịch là dịch sai do dịch giả không hiểu vững vàng Hán văn.[5]

Vào những năm 1964, các nhà Hán học thuộc Ban Cổ sử của Viện Sử học Việt Nam bao gồm Đỗ Mộng Khương và Nguyễn Ngọc Tỉnh đã dịch sang chữ Quốc ngữ sách này, với sự hiệu đính và chú thích của Đào Duy Anh. Bản dịch này dựa theo một bản chép tay từ thư viện của Viện Sử học, có sự đối chiếu với bản của Thư viện Khoa học trung ương, cũng như bản dịch của Gabriel Aubaret và các sách có liên quan, như Phủ Biên tạp lục, Đại Nam thực lục tiền biên, Đại Nam nhất thống chí. Tuy nhiên bản dịch này chỉ được lưu truyền nội bộ tại Viện Sử học dưới dạng bản đánh máy. Mãi sau này, Nhà xuất bản Giáo dục mới tiến hành biên tập lại và xuất bản vào tháng 12 năm 1998 dưới dạng sách bìa cứng, gồm bản dịch và toàn bộ bản chép bằng chữ Hán Nôm. Bản dịch này đã đáp ứng được nhu cầu thực tế, làm tài liệu tốt cho nghiên cứu, và giáo dục trong nhà trường; nhân dịp các tỉnh thành Nam Bộ kỷ niệm 300 năm hình thành và phát triển.[3] Tuy thế, bản dịch này cũng nhầm khi dịch các tên địa danh như nhầm Láng Thé thành Lãng Đế, Cần Giuộc thành Cần Dọt; hay "tư võ (tư mã) giặc Trần Tuấn" dịch nhầm thành "quân giặc là Võ Trần Tuấn".[3]

Tại miền Nam Việt Nam, nhóm Tu Trai Nguyễn Tạo đã dịch và xuất bản sách này vào năm 1972. Đây là bản thông dụng nhất tại miền Nam Việt Nam trước năm 1975. Tuy nhiên, bản dịch này cũng có nhiều sai sót.

Năm 1991, tại Trịnh Châu, Trung Quốc, Nhà xuất bản sách cổ Trung Châu đã cho xuất bản một bộ gồm ba quyển sách sử của Việt Nam là Gia Định thành thông chí, Lĩnh Nam trích quái, và Hà Tiên trấn Hiệp trấn Mạc thị gia phả, bằng chữ Trung giản thể, do Đái Khả Lai biên dịch và Dương Bảo Quân hiệu chú.

Năm 2004, Lý Việt Dũng đã tổng hợp và điều chỉnh các sai sót của các bản dịch trước thành 6 nhóm: nhầm địa danh, nhầm nhân danh, nhầm tên sản vật, nhầm nghĩa Hán văn, chép sai hoặc thiếu, lỗi mo-rát[3], sau đó biên dịch lại, chú giải, được Huỳnh Văn Tới hiệu đính, giới thiệu và Nhà xuất bản Tổng hợp Đồng Nai tái bản.